Отдел запасов производит прием медикаментов и других медицинских изделий, отпускает их другим отделам аптеки и снабжает ими лечебно-профилактические учреждения, аптечные пункты, филиалы, прикрепленные к аптеке, а также занимается изготовлением концентратов, полуфабрикатов и внутриаптечных заготовок.